Der Granithang, der sich nahe der Walhalla nördlich über der Donau erhebt, hat schon im 16. Jahrhundert den Maler Albrecht Altdorfer inspiriert: zu seinem Gemälde „Donaulandschaft bei Regensburg mit dem Scheuchenberg“. Im Jahr 2004 hat der VSL auf dem Bergrücken drei Eichenwald-Flächen mit insgesamt rund 27 Hektar Fläche erworben; auch ein aufgelassener Steinbruch gehört zum Areal. Weil die Steilhänge schwer zu nutzen waren, haben sich dort ungemein artenreiche Lebensräume entwickelt, mit endemischen Pflanzenarten und seltenen Tieren wie Ziegenmelker und Feuersalamander.

Unbegradigt und weitgehend naturnah schlängelt sich die Weiße Laber durchs Oberpfälzer Jura und der Altmühl entgegen. Typisch für die Talaue sind Kalkflachmoore, von denen der VSL eines, nahe Berching, im Jahr 1987 gerade noch retten konnte: Dort sollte ein Fischteich angelegt werden. Unter anderem findet sich dort die in Nordbayern sehr seltene Blaue Himmelsleiter, ein Relikt aus der Eiszeit.

Der Mensch schafft mitunter ungewöhnliche „Landschaftsbestandteile“, die sich die Natur gerne erobert. Durch eine Schenkung der Obag wurde der VSL 1988 Eigentümer eines nicht mehr genutzten Trafo-Häuschens und gestaltete es zum „Artenschutz-Turm“ um, mit Nist- und Überwinterungsmöglichkeiten für Schleiereulen, Turmfalken, Fledermäuse, Vögel, Amphibien und Reptilien. 2017 hat es der VSL mit Unterstützung vom Landesbund für Vogelschutz und der Naturschutzbehörden saniert.  Es beherbergt jetzt unter anderem die Zwergfledermaus.

Bayernweit ist die Flussperlmuschel vom Aussterben bedroht; im Oberlauf des Grenzbachs, nördlich von Erbendorf, kommt sie noch vor. Ihr Bestand war aber durch eine Forellenzuchtanlage in der Grenzmühle bedroht.

Im Jahr 2009 konnte der VSL den Hof samt Teichen und Wiesen kaufen und die Fischzucht stilllegen. Biobauer Josef Schmidt hat die Gebäude übernommen und die VSL-Wiesen gepachtet; unter anderem nutzt er sie als Weide für sein Rotes Höhenvieh, eine historische Rinderrasse. Damit bleibt die artenreiche Kulturlandschaft rund um die Grenzmühle erhalten.

Auch kleine Flächen können zu wertvollen Trittsteinen für die Natur werden können: so wie die Kahrweiher-Wiesen im Heidenaabtal, von denen eine knapp 0,3 Hektar große Teilfläche dem VSL gehört. Die sumpfigen, nassen Au-Wiesen südöstlich von Pressath sind seit alters her extensiv bewirtschaftet. Das wissen bis heute unter anderem zahlreiche Brutvögel zu schätzen; zum Beispiel das Braunkehlchen, „Vogel des Jahres“ 2023. Im Frühjahr und Herbst sind die Wiesen auch überlebenswichtige Raststationen für Wiesenbrüter, Enten, Greifvögel auf dem Zug.

Das Schwarzachtal mitsamt seinen Nebentälern ist ein Naturrefugium im tschechisch-bayerischen Grenzraum. Umso wichtiger ist es, dort Biotope dauerhaft als Trittsteine für Flora und Fauna zu sichern. Die Kesselwiesen östlich von Tiefenbach sind solche Trittsteine. Knapp 1,2 Hektar der nassen Wiesen, denen die Bauern früher meist nur Einstreu für den Stall abtrotzen konnten, hat der VSL kaufen können. Viele der Pflanzenarten, die auf den Kesselwiesen gedeihen, haben ihre „nassen Füße“ schon im: etwa Sumpfblutauge, Sumpf-Haarstrang, Wasserpfeffer-Knöterich oder das Moor-Labkraut.